MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rickettsia rickettsii str. Brazil chromosome

Total Repeats: 32014

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016913	GTG	2	6	13	18	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016913	GATA	2	8	27	34	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016913	AAT	2	6	49	54	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016913	TACAAG	2	12	146	157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016913	CAG	2	6	203	208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_016913	GTG	2	6	229	234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016913	GATA	2	8	243	250	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016913	AAT	2	6	265	270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016913	TACAAG	2	12	362	373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016913	CAG	2	6	419	424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016913	GTG	2	6	445	450	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016913	GATA	2	8	459	466	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016913	AAT	2	6	481	486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016913	GGA	2	6	589	594	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016913	AAT	2	6	607	612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016913	TGG	3	9	660	668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016913	TTA	2	6	681	686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016913	AAT	2	6	712	717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016913	TTAC	2	8	742	749	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_016913	CGGAGT	2	12	906	917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016913	ATA	2	6	920	925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016913	TAT	2	6	926	931	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016913	AGC	2	6	933	938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016913	TAG	2	6	944	949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016913	TGA	2	6	960	965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016913	TGG	2	6	984	989	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016913	TAA	2	6	1056	1061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016913	TTAT	2	8	1076	1083	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016913	TTA	2	6	1136	1141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016913	AAT	2	6	1144	1149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016913	TAG	2	6	1161	1166	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016913	AAT	2	6	1225	1230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016913	A	7	7	1395	1401	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016913	TGG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016913	ACA	2	6	1504	1509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016913	CTA	2	6	1550	1555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016913	ATG	2	6	1577	1582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016913	A	6	6	1635	1640	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016913	CGG	2	6	1695	1700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016913	TAA	2	6	1704	1709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016913	GCA	2	6	1883	1888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016913	TAAA	2	8	1889	1896	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016913	GGT	2	6	1900	1905	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016913	TAC	2	6	2052	2057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016913	CTA	2	6	2165	2170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016913	TAGCC	2	10	2184	2193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_016913	TAC	2	6	2220	2225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016913	ACTT	2	8	2226	2233	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_016913	TAC	2	6	2295	2300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016913	AGC	2	6	2310	2315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016913	GGT	2	6	2323	2328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016913	TTAA	2	8	2335	2342	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016913	GTA	2	6	2348	2353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016913	TTG	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016913	CTA	2	6	2399	2404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016913	AAT	2	6	2416	2421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016913	CAG	2	6	2462	2467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016913	TAA	2	6	2511	2516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016913	ACTTT	2	10	2534	2543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016913	AGA	2	6	2571	2576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016913	TGC	2	6	2640	2645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016913	GGA	2	6	2673	2678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016913	CTCAT	2	10	2759	2768	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016913	TGT	2	6	2775	2780	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016913	TAA	2	6	2808	2813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016913	AT	3	6	2831	2836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016913	TCT	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016913	TGA	2	6	2910	2915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016913	AGA	2	6	2972	2977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016913	TGG	2	6	3015	3020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016913	GAT	2	6	3049	3054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016913	A	6	6	3102	3107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016913	TAA	2	6	3108	3113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016913	AG	3	6	3135	3140	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016913	TA	3	6	3164	3169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016913	ATA	2	6	3218	3223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016913	AAG	2	6	3228	3233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016913	ATG	2	6	3346	3351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016913	TTAAC	2	10	3362	3371	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016913	TAC	2	6	3429	3434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016913	TCAATG	2	12	3512	3523	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016913	CTC	2	6	3617	3622	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_016913	CCAA	2	8	3625	3632	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016913	AAGCA	2	10	3640	3649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016913	TGTCGG	2	12	3663	3674	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016913	ATG	2	6	3694	3699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016913	AAGT	2	8	3732	3739	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016913	TTAA	2	8	3780	3787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016913	A	7	7	3803	3809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016913	TA	3	6	3813	3818	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016913	TA	3	6	3826	3831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016913	T	6	6	3835	3840	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016913	GAG	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016913	ACTT	2	8	3926	3933	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_016913	TAAA	2	8	3964	3971	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016913	A	6	6	3969	3974	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016913	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
98	NC_016913	GCTTTT	2	12	4040	4051	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379015836
99	NC_016913	GAA	3	9	4083	4091	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
100	NC_016913	GCG	2	6	4092	4097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379015836
101	NC_016913	T	6	6	4141	4146	0 %	100 %	0 %	0 %	379015836
102	NC_016913	TAAG	2	8	4176	4183	50 %	25 %	25 %	0 %	379015836
103	NC_016913	GAA	2	6	4208	4213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
104	NC_016913	ATT	2	6	4275	4280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
105	NC_016913	TTA	2	6	4288	4293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
106	NC_016913	TGA	2	6	4309	4314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
107	NC_016913	GAA	2	6	4418	4423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379015836
108	NC_016913	TTA	2	6	4430	4435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
109	NC_016913	A	6	6	4456	4461	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
110	NC_016913	TTG	2	6	4467	4472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015836
111	NC_016913	TGAC	2	8	4509	4516	25 %	25 %	25 %	25 %	379015836
112	NC_016913	TAG	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
113	NC_016913	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
114	NC_016913	ATA	2	6	4641	4646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
115	NC_016913	GTT	2	6	4735	4740	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379015836
116	NC_016913	TTA	2	6	4814	4819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
117	NC_016913	A	6	6	4827	4832	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
118	NC_016913	TA	3	6	4943	4948	50 %	50 %	0 %	0 %	379015836
119	NC_016913	AAT	2	6	4975	4980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
120	NC_016913	ATA	2	6	4995	5000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015836
121	NC_016913	TTATC	2	10	5024	5033	20 %	60 %	0 %	20 %	379015836
122	NC_016913	TAAA	2	8	5130	5137	75 %	25 %	0 %	0 %	379015836
123	NC_016913	A	7	7	5258	5264	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
124	NC_016913	ATT	2	6	5314	5319	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
125	NC_016913	TAC	2	6	5332	5337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015836
126	NC_016913	TGA	2	6	5371	5376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
127	NC_016913	A	7	7	5448	5454	100 %	0 %	0 %	0 %	379015836
128	NC_016913	AT	3	6	5459	5464	50 %	50 %	0 %	0 %	379015836
129	NC_016913	TGA	2	6	5485	5490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015836
130	NC_016913	ATT	2	6	5507	5512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379015836
131	NC_016913	AGTA	2	8	5543	5550	50 %	25 %	25 %	0 %	379015836
132	NC_016913	GCT	2	6	5647	5652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_016913	CA	3	6	5674	5679	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016913	A	8	8	5688	5695	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016913	A	7	7	5738	5744	100 %	0 %	0 %	0 %	379015837
136	NC_016913	TAG	2	6	5802	5807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
137	NC_016913	CTAA	2	8	5890	5897	50 %	25 %	0 %	25 %	379015837
138	NC_016913	ACC	2	6	6000	6005	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	379015837
139	NC_016913	AGC	2	6	6084	6089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379015837
140	NC_016913	AT	3	6	6125	6130	50 %	50 %	0 %	0 %	379015837
141	NC_016913	GAT	2	6	6154	6159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379015837
142	NC_016913	CAA	2	6	6203	6208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015837
143	NC_016913	AT	3	6	6238	6243	50 %	50 %	0 %	0 %	379015837
144	NC_016913	G	7	7	6296	6302	0 %	0 %	100 %	0 %	379015837
145	NC_016913	CAT	2	6	6310	6315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379015837
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276	NC_016913	TAAT	2	8	11625	11632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_016913	CTATA	2	10	11638	11647	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
278	NC_016913	TAT	2	6	11653	11658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_016913	TGT	2	6	11758	11763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_016913	T	6	6	11808	11813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_016913	TAA	2	6	11947	11952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_016913	AAG	2	6	11971	11976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
283	NC_016913	ATAG	2	8	11982	11989	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
284	NC_016913	TA	3	6	12016	12021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_016913	ATTT	2	8	12060	12067	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_016913	TA	3	6	12101	12106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_016913	TTAT	2	8	12116	12123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016913	ATTA	2	8	12149	12156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016913	AT	3	6	12177	12182	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_016913	TA	3	6	12187	12192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_016913	ATA	2	6	12201	12206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_016913	A	8	8	12206	12213	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_016913	TGCT	2	8	12242	12249	0 %	50 %	25 %	25 %	379015846
294	NC_016913	TAGT	2	8	12255	12262	25 %	50 %	25 %	0 %	379015846
295	NC_016913	GGA	2	6	12332	12337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379015846
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298	NC_016913	TAA	2	6	12430	12435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379015846
299	NC_016913	CAA	2	6	12438	12443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379015846
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302	NC_016913	TCC	2	6	12696	12701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379015847
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306	NC_016913	ATA	2	6	12851	12856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_016913	CGG	2	6	12950	12955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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309	NC_016913	TGC	2	6	12995	13000	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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319	NC_016913	TAG	2	6	13447	13452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_016913	AT	3	6	13523	13528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_016913	AAT	2	6	13543	13548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_016913	TGC	2	6	13566	13571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
324	NC_016913	TGC	2	6	13650	13655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
325	NC_016913	ACA	2	6	13675	13680	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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329	NC_016913	TTA	2	6	13778	13783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_016913	GCA	2	6	13864	13869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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334	NC_016913	GCA	2	6	13948	13953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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339	NC_016913	TAC	2	6	14175	14180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
340	NC_016913	AAT	2	6	14308	14313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_016913	TGG	2	6	14388	14393	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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345	NC_016913	TAA	2	6	14436	14441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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349	NC_016913	TAA	2	6	14980	14985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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351	NC_016913	AAT	2	6	15133	15138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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373	NC_016913	TAA	2	6	16054	16059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
374	NC_016913	TAA	2	6	16084	16089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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397	NC_016913	ATA	2	6	16995	17000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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399	NC_016913	TAA	2	6	17013	17018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_016913	TAC	2	6	17020	17025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
401	NC_016913	ACT	2	6	17130	17135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
402	NC_016913	TTA	2	6	17140	17145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
403	NC_016913	GCC	2	6	17199	17204	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
404	NC_016913	GTAGT	2	10	17216	17225	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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412	NC_016913	AGG	2	6	17377	17382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379015854
413	NC_016913	GGT	2	6	17405	17410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379015854
414	NC_016913	GGA	2	6	17516	17521	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
415	NC_016913	TAC	2	6	17539	17544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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417	NC_016913	GCT	2	6	17624	17629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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451	NC_016913	ATTA	2	8	19199	19206	50 %	50 %	0 %	0 %	379015857
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